Es ist schwer zu entscheiden, ob das im Codex Laureshamensis mehrmals erwähnte Hagenheim in irgendeiner Urkunde mit unserem Dorf in Zusammenhang gebracht werden kann. Wenngleich Hackenheim im Jahre 1124 nachweislich unter dem Namen "Hagenheim" erwähnt wird, sind die Nennungen im Lorscher Codex wahrscheinlich auf Hahnheim an der Selz zu beziehen. Rein zeitlich wäre eine Erwähnung des Ortes schom im 8. Jahrhundert möglich, da Hackenheim auf die fränkische Landnahme zurückzuführen ist, und sein Name als Heim des "Hajo" bzw. "Hacko" gedeutet wird. Sie ist jedoch keinesweg sicher. So ist auf einer Urkunde Heinrichs II. aus dem Jahre 1023 zu verweisen. Der Einfluss der Sponheimer blieb auch für die folgenden Jahrhunderte bestimmend. In Hackenheim besaßen nicht nur die Grafen von Sponheim Grund und Boden, sondern noch eine ganze Reihe weiterer geistlicher und weltlicher Herren. Dazu gehörten die Mönche des Klosters Pfaffen-Schwabenheim.
Als geistlicher Herrschaft besaß auch das Kloster Disibodenberg in Hackenheim ein Hofgut, das um 1600 Kurpfalz in Pacht hatte. Hackenheim war früher ein recht kleiner Ort. 1601 zählte er nur 40 Herdstellen, so dass man von ca. 160 Einwohnern ausgehen kann. In den Zeiten des 30-jährigen Krieges sank die Einwohnerzahl beträchtlich 1652 zählte man noch ganze 9 Familienvorstände. 1787 wohnten in 46 Häusern 43 Familien mit etwa 200 Einwohnern.
Noch eine andere wichtige Einrichtung des Mittelalters blieb lange erhalten: Das alte Hochgericht mit dem Galgen, der sich auf dem flachen Rücken des Galgenberges, an der Paßstelle – der Straße von Kreuznach nach Hackenheim nahe dem Darmstädter Hof erhoben haben soll. Der Flurname "Am Hochgericht" weist noch heute auf die Richtstätte hin, wo die Exekutionen des Kreuznacher Landgerichtes stattfanden.
Bis in die 30-er Jahre unseres Jahrhunders war der Richtplatz als eine etwa 40 qm große öde Fläche mit spärlichem Graswuchs noch deutlich erkennbar. Nach der Volksmeinung war der Platz verflucht, es wachse nichts darauf als Unkraut. Spätestens in unseren Tagen wurde dieser Glaube widerlegt. Heute liegt der ehemalige Richtplatz mitten im Weinbergsgelände und ist als Richtstätte früherer Jahrhunderte nicht mehr zu erkennen.
Aus der Zeit, während Hackenheim zum französischen Staatsgebiet gehörte, sind kaum Einzelheiten bekannt. Das Dorf gehörte während der französichen Herrschaft zur Mairie Bosenheim und erhielt erst wieder nach seiner Eingliederung in das Großherzogtum Hessen im Jahre 1816 eine selbständige Verwaltung.
Nach der Neuordnung auf dem Wiener Kongreß lag Hackenheim nahe an der preußischen Grenze. Der eigentliche Darmrstädter Hof lag noch auf hessischer Seite, während das heutige Weingut Desoi schon zu Preußen gehörte. Folglich war der Darmstädter Hof eine nicht unbedeutende Zollstation. Verzollt wurden vor allem Genuß-und Nahrungsmittel, besonders jedoch Wein. Er war auf hessischer Seite sehr billig, was zu umfangreichem Schmuggel führte.
Im Zuge der allgemeinden Entwicklung war die Bevölkerung im Jahre 1846 auf 568 Einwohner angewachsen, um dann bis 1871 wieder auf 503 zurückzugehen. Die industrielle und gewerbliche Entwicklung der Stadt Bad Kreuznach im letzten Viertel des vorigen Jahrhunderts mit ihrem steigenden Bedarf an Arbeitskräften und die daraus resultierende Zunahme der Bevölkerung in den Randgemeinden fand auch in Hackenheim ihren Niederschlag: 1905 hatte das Dorf bereits 770 Einwohner, 1936 waren es 978. Schon 1903 schloss sich das Dorf dem Wasserverband des Nahe- und Appelbachgebietes an und bekam eine Wasserleitung. Ein Jahr später wurde bereits die Hauptstraße kanalisiert, eine zur damaligen Zeit beachtliche Einrichtung. 1917 erhielt Hackenheim von Kreuznach her elektrischen Strom. Im Zuge der Nachkriegsentwicklung siedelten sich viele Bürger aus dem benachbarten Bad Kreuznach in Hackenheim an. Mit dem damit verbundenen Bevölkerungszuwachs ging ein innerörtlicher Strukturwandel einher: Die noch in den 50er Jahren dominierende Landwirtschaft ging zurück, die Funktion des Dorfes als Stadtrandwohngemeinde trat in den Vordergrund.